HSE管理体系指的是健康（Health）、安全（Safety）和环境(Environment）三位一体的管理体系。责任制是HSE管理体系的核心。
企业无论建立哪一种体系，其目的都是从不同的侧重点提高企业的管理水平，但企业内部同时运行多种体系，必然会存在不同管理体系分头管理、文件管理混乱、记录重复填写、企业工作负荷加大等弊端。因此企业若能进行三个体系的整合，整合后的体系将比目前每种单一体系要完善得多，会消除多个体系并行可能产生的弊端，从而有效提升企业管理价值，增加市场竞争力。所以，整合三个体系是十分必要的。
（一）组织机构的整合
在大多数企业，三个体系至少有两个部门分管，最高管理者代表也分别由两个经理担任，这样势必会出现上面所述的分头管理的弊端。所以，整合的第一步就是组织机构的整合，由最高管理层授权一个管理者代表负责三个体系的管理工作，抽调专人成立专职部门，在人员配备上要充分考虑各专业的需求，明确最高管理者代表、专职部门和相关岗位人员的职能分配和岗位职责。
（二）过程识别的整合
质量和HSE管理体系关注的过程是企业内部全部的生产经营活动，而内控体系关注的过程是侧重可能产生财务风险的生产经营活动。所以这个环节的整合工作可采取质量和HSE管理体系过程识别的要求，对企业内部全部的生产经营活动进行识别。
（三）风险评估的整合
内控体系的风险评估工作是由股份公司针对财务风险统一制定了风险数据库，下属地区公司及分公司只要遵照执行。HSE管理体系的风险评估工作主要是针对企业内部生产经营过程中对健康、安全、环境有影响的危险因素及环境因素进行识别、评价、确定重大风险、制定防范措施、管理方案等。在这一环节的整合工作可建议选用如下方法：先进行HSE管理体系的危险因素、环境因素识别与评价工作，再结合股份公司下达的内控体系风险数据库，形成一套企业健康、安全、环境、财务风险数据库。
（四）文件的整合
质量及HSE管理体系有一个比较完整、系统的文件网络，而内控体系只强调对一些风险点和控制点的关键控制，相对来说，系统性、全面性欠缺。这样在整合文件时，可以将内控体系执行的文件纳入企业的各项规章制度中。
（五）记录的整合
质量和HSE管理体系对记录的格式及内容没有统一规定，可由企业根据工作实际自行设计。内控体系对重要风险关键控制的实施证据由股份公司统一确定了名称，并且有些实施证据明确规定了表格的格式。所以在记录整合时，一定要兼顾各体系的要求，保持两套体系记录的一致性。
（六）内部审核工作的整合
三个体系整合后内审工作也应进行整合，统一进行。在审核人员的安排上，要充分考虑各专业的需求，合理配置。在审核内容上，要兼顾质量和HSE管理体系审核和内控体系测试内容的要求，统一计划、统一实施。
（七）控制环境的整合
内控体系的控制环境包括职业道德、员工的胜任能力、管理理念和经营风格、组织结构、人力资源政策与措施、权利和责任的分配以及反舞弊等内容；质量及HSE管理体系主要是在管理职责和资源配置上做了明确规定，它的要求不如内控体系的全面。所以，这部分的整合，可以内控体系控制环境的内容为基础，兼顾其它两个管理体系的一些要求建立整合后控制环境部分的内容
